Mohamedou wird nach den Terroranschlägen vom 11. September 2001 in Mauretanien festgenommen und ohne formelle Anklage ins Internierungslager der Guantanamo Bay Naval Base verschleppt. Man wirft Mohamedou eine Zusammenarbeit mit den Attentätern vor. Doch dem Chefankläger Stuart Couch kommen Zweifel an Mohamedous Schuld. Nancy Hollander wird Mohamedous Rechtsanwältin und begreift, wie er im Internierungslager behandelt wurde und dass seine Geständnisse durch Folter erzwungen wurden. Die zentrale und bittere Erkenntnis des Films ist mit Blick auf Guantanamo, dass das Internierungslager nicht auf US-Boden errichtet wurde, um die Gefangenen de facto in einem rechtsfreien Raum unterzubringen und damit die Folterer vor den Konsequenzen ihrer verbrecherischen Handlungen zu schützen. „Der Mauretanier“ macht fassungslos, wie unmoralisch sich ein Staat verhalten kann, der sich die Demokratie an die Fahnen geheftet hat. Zugleich ist der Film aber auch eine intensive Erzählung von der Widerstandskraft eines Menschen, der unter entsetzlichsten Umständen inhaftiert war und trotz allem seine Fähigkeit zur Lebensfreude bewahrt hat.